Le variant sud-africain plus transmissible, mutation inquiétante

Le nouveau variant du coronavirus identifié en octobre par des chercheurs en Afrique du Sud alimente une recrudescence sans précédent de contaminations dans le pays le plus touché d'Afrique, compliquant les efforts des autorités pour contenir sa progression.

Connu sous le nom peu poétique de 501Y.V2, le variant sud-africain ne semble pas causer de formes plus graves de la maladie, mais les scientifiques s'inquiètent qu'il soit plus contagieux et moins facile à combattre.

La bio-informaticienne Houriiyah Tegally, 27 ans, mène des travaux de surveillance génomique, au sein de l'équipe de pointe qui a identifié le variant sud-africain.

"Ce variant du virus semble vraiment plus contagieux que les précédents. Et il s'impose de plus en plus dans nos données sur l'Afrique du Sud, nous n'avions pas vu de croissance semblable avant.

Il a une mutation située sur la protéine spike, une pointe permettant de pénétrer dans les cellules et d'infecter les humains. C'est cette mutation qui fait que le virus échappe davantage aux anticorps.

Ce nouveau variant pourrait aussi présenter un plus fort risque de ré-infection. Nous attendons d'avoir davantage d'éléments mais c'est une réelle inquiétude", explique-t-elle.

Quelle est son origine et où en est-il ?

Houriiyah Tegally : "Ce n'est pas encore complètement clair. Tous les virus évoluent de manière naturelle et accumulent les mutations, mais ce variant semble avoir évolué beaucoup plus vite.

La théorie la plus probable est qu'il soit venu de patients immuno-déprimés, dont le système immunitaire a plus de mal à supprimer les infections.

Donc le virus se reproduit beaucoup plus chez ces patients, c'est ainsi qu'il peut se transmettre plus facilement.

Il existe en Afrique du Sud un fort pourcentage de personnes immuno-déprimées, en particulier dans le sud-est du pays où ce variant a émergé, portant la deuxième vague.

Au début, il représentait 20 % des échantillons, ensuite 30, puis 40. Aujourd'hui, il représente 60 à 75% des cas positifs. C'est une courbe rapide.

Au plus haut, nous étions à 80 % mais nous poursuivons nos analyses sur plus de cas en janvier et ne serions pas surpris si nous nous approchions de 90% ou même plus".

Les vaccins seront-ils efficaces contre ce variant ?

Houriiyah Tegally : "Nous avons envoyé des copies du virus à des laboratoires dans le monde entier pour des tests.

Pfizer a publié des données indiquant que son vaccin fonctionne, mais il s'agissait d'une expérience très limitée.

Nous avons toutefois bon espoir car les vaccins sont censés être à large spectre mais pour l'instant nous devons encore attendre et voir.

D'autres pays pourraient-ils être touchés?

Houriiyah Tegally : "La réponse de la communauté internationale a été assez stigmatisante. C'est compréhensible, les gens ont peur.

Mais sans les scientifiques sud-africains, nous n'aurions peut-être jamais entendu parler de ce nouveau variant. Les gens continueraient à tomber malade et nous ne saurions pas pourquoi.

Ce n'est la faute de personne s'il existe un variant (en Afrique du Sud, ndlr).

Il pourrait y en avoir d'autres dans le monde, pas encore détectés. Le virus évolue et plus il se propage, plus il a de chances d'infecter des patients immunodéprimés et de muter.

Cela montre l'importance d'investir dans la recherche et la surveillance des génomes, comme le recommande l'Organisation mondiale de la santé (OMS)".

Face à l'urgence de la situation, le président sud-africain, Cyril Ramaphosa, a annoncé une campagne de vaccination à très grande échelle. Le principal défi sera d’acheminer le vaccin dans des régions très reculées et don difficiles d’accès.

L’Afrique du Sud doit recevoir, avant le mois d’avril, six millions de doses dans le cadre du dispositif Covax, mis en place par l’Organisation mondiale de la santé, pour garantir aux pays émergents et aux plus pauvres un accès minimum équitable aux vaccins. Mais Covax aussi a pris du retard. Et six millions de doses ne permettraient de vacciner que 5 % des Sud-Africains, voire 10 % en retardant la seconde injection. Très loin de l’objectif officiel de deux tiers de vaccinés fin 2021.